Ao tentar importar a tabela com esse tipo de problema, utilizando o comando "read.table", dar erro e o objeto não pode ser carregado.
Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, :
line 2 did not have 3 elements
Quando ocorrer esse problema, é possível importar a tabela utilizando o comando "fill=True".
Ex:. dados<-read.table("nome_do_arquivo.txt", fill=True, h=T)
Assim, você conseguirá importar o arquivo e verificar o erro no console do R.
1) através de um resumo do objeto importado:
summary(dados)
2) chamada do objeto dando um Ctrl+r
dados