Estrutura da tabela
yj: sp1, sp2, sp3, sp4... "espécies na coluna"
yi: l1, l2, l3, l4... [valores: 0, 1] "locais nas linhas"
dados<-read.table("dados.txt", h=T)
#1:separar a composição de espécies por local
l1<-dados[1,2:numero total de especies]
l2<-dados[2,2:numero total de especies]
l3<-dados[3,2:numero total de especies]
l4<-dados[4,2:numero total de especies]
[...]
#2: soma das colunas, indica o N de espécies presentes/ausentes por local
somal1<-colSums(l1)
#3: excluir espécies ausentes
presentesl1<-somal1[somal1>0]